Obecny kościół przedstawia się jako gotycka bazylika ceglana, złożona z prezbiterium, trójnawowego korpusu i czworobocznej wieży od zachodu. Wznosząca go prawie przez półtora stulecia, na co wskazują różnice formy. Najstarszą częścią pochodzącą jeszcze z końca XIV wieku jest prezbiterium, nakryte sklepieniem krzyżowym wspartym na bogato rzeźbionych konsolach odlewanych w sztucznym kamieniu. Na terenie Pomorza należą one do bardziej ozdobnych detali architektonicznych. Korpus nawowy czteroprzęsłowy w nawie głównej kryty był najprawdopodobniej pułapem, o czym świadczy uskok muru nad łukiem tęczowym, wyznaczający pierwotną wysokość budowli. Masywne arkady cięte w całej grubości muru, otwierają się do naw bocznych nakrytych sklepieniami, których prosty rysunek wskazywałby na pierwszą połowę XV wieku. Zapewne w drugiej połowie tegoż stulecia dokonano podwyższenia nawy głównej, które zakryta dostawiona w drugiej połowie XV wieku zmieniła kościół na budowlę bazylikową oświetlając nawę bezpośrednio przez wprowadzenie pod samym sklepieniem ciągu niewielkich otworów okiennych. Dawna budowla od zachodu oświetlona była jednym dużym oknem w nawie głównej, które zakryła dostawiona w drugiej połowie XV wieku masywna czworoboczna wieża, przechodząca w czwartej kondygnacji w ośmiobok. W tym też czasie dostawiono od południa kruchtę, a od północy, w narożniku prezbiterium i nawy zakrystię.

         Wnętrze kościoła pokrywają obecnie tynki. Na zewnątrz zachowały się urozmaicone wątki ceglane, których układ w prezbiterium wskazuje na wiek XIV, zaś krzyżowy układ cegieł w korpusie nawowym i wieży oraz fragmenty rombowych ornamentów z czarno palonej cegły - zenderówki,świadczą o o wzniesieniu murów w wieku XV. Sylwetka kościoła jest niezmiernie charakterystyczna dla budownictwa gotyckiego rejonu Pomorza. Architektura ceglana dawała budowniczym znaczenie mniej możliwości rozwiązań dekoracyjnych niż mieli je w średniowieczni architekci zachodniej Europy, używając jako budulca i tworzywa białego kamienia. Stąd też dekoracja architektoniczna kościołów północnej i środkowej Europy ograniczała się do układania ornamentów z formowania cegły i kontrastowania czerwieni tych murów z białymi tynkami. Pod tym względem kościół w Pruszczu stanowi typowy przykład takiego rozwiązania dekoracyjnego. Elewację wschodnią zdobi szczytnica o podziałach laskowaniami, z formowanej cegły układających się we wzór ostrołuków bliźnich i kół podkreślonych tynkowaniem. trójkątną zaś linię szczytu urozmaica ciąg sterczyn zakończonych dawniej kwiatonami. Ozdobnie potraktowano również szczyt wschodni nawy głównej. Na jego dekorację składa się treflowy krzyż u szczytu i dwie pary ostrołukowych wnęk po bokach. Podobnie urozmaicona dekoracja zdobi elewację wieży. Składają się na nią akcentowane białym tynkiem gzymsy, tynkowanie blendy ostrołukowej, zaś w trzeciej kondygnacji dwukondygnacyjne przeźrocza arkadowe dla zawieszenia dzwonów (kościół posiada trzy dzwony). Ponad dzwonami w ośmiobocznej partii mieści się mechanizm zegarowy, założony w XVII wieku. Dach wieży pokryty dachówką rysuje się wysokim ostrosłupem, górując nad całą sylwetką kościoła. Masywne przypory skarp, ostrołukowate okna i portale wejściowe, te ostatnie wykonane z profilowanej cegły, stanowią dodatkowy akcent, świadczący o nieskażonej przez wieki formie tej pięknej gotyckiej świątyni.

Z pierwotnego wyposażenia gotyckiego zachowało się dziś niewiele, choć musiało ono być dosyć okazałe. proste linie architektury podkreślały i uzupełniały malowidła ścienne, z których dziś udało sie odkryć ciąg krzyżyków tzn. zacheuszków na filarach nawy głównej i prezbiterium. Same prezbiterium oświetlone witrażami, pokrywała dekoracja malarska.
           Fragmenty fresków pochodzące z XV wieku odkryte zostały na ścianach północnej i wschodniej. Tematyka tych malowideł była niewątpliwie bogata. Na to wskazuje jedyna dziś czytelna scena po lewej stronie wnęki tabernakulum, przedstawiająca rzadki temat wniebowzięcia przez aniołów Marii Egipcjanki. Fresk ten pochodzi z 1586 roku. Tradycja polichromowania ścian przeszła do czasów późniejszych. W okresie renesansu wykonano nowszą polichromię, której fragmenty przedstawiającej uśpionego amorka między symbolami śmierci oraz liść akantu, odkryte zostały na ścianie północnej wokół przezbiterium. W XVII stuleciu został umieszczony w kościele w Pruszczu okazały OŁTARZ z rzeźbioną wielofigurową sceną ukrzyżowania i malowanymi skrzydłami. OŁTARZ ten wykonany w pracowni wybitnego malarza niderlandzkiego Colijna de Cotter w bliżej nieznanych okolicznościach. Znalazł się w Gdańsku zapewne tuz po samym wykonaniu, to jest w początkach wieku XVI. Ten antwerpski OŁTARZ - to rodzaj tryptyku mieszczącego w środkowym polu UKRZYŻOWANIE PANA JEZUSA, w lewym - DŹWIGANIE KRZYŻA, w prawym - ZŁOŻENIE DO GROBU. Od roku 1945 znajduje się w Muzeum Narodowym w Warszawie. W końcu XVI wieku i przez cały wiek XVII w myśli nowych gustów epok zmieniano, bądź uzupełniano dawne średniowieczne wyposażenie kościoła.

         W roku 1578 zawieszono na południowym filarze przy tęczy późnorenesansową ambonę. Ambona dekorowana ornamentami chrząstkowo - małżowinowymi i główkami anielskimi, z ażurowym baldachimem, zwieńczonym rzeźbą anioła. Na balustradzie korpusu - czterej ewangeliści. Ewangelista Łukasz w stroju duchownego protestanckiego, zapewne Henryka Konigshowena, pastora w Pruszczu. Bogate dekoracje rzeźbiarskie ambony uzupełniają malowane płyciny przedstawiające m.in. sceny rodzajowe: Zacheusza na sykomorze i robotników w winnicy pańskiej. Do wyjątkowych też przedstawień zaliczyć można wyobrażenie krzyża jako ula pszczelego stojącego wśród kwietnej murawy. Następne elementy wyposażenia wnętrza kościoła wykonane po roku 1585, poszły w kierunku przystosowania kościoła do potrzeb liturgii protestanckiej. Ponadto na uwagę zasługują m.in.: gotycka granitowa kropielnica, chrzcielnica z czerwonego marmuru (z XVII wieku).

W roku 1682 powstał w prezbiterium zespół stall, których przedpiersia i zaplecki zdobią malowane płyciny. Obok z cen z życia i męki Chrystusa, znajdują się tu przedstawione, oparte o traktaty mistyczne sceny, m.in. na temat Serca Jezusowego, na którego tle nieznany twórca ukazał widok gotyckiego kościoła w Pruszczu Gdańskim, który pozostał niezmieniony do naszych czasów.

              W roku 1691 wykonano ozdobne balkony, przekształcając nawy boczne w tak charakterystyczne dla kościołów protestanckich empory. Na snycerską dekoracje balustrad balkonowych składają się: pilastry z przedstawieniami aniołków trzymających narzędzia męki Chrystusa oraz personifikacje cnót, płyciny zaś wypełniają płaskie reliefy z główkami anielskimi i półpostaciami fantastycznych tworów morskich, nereid, które stanowią symbole przejścia do życia wiecznego.
               Z balkonami łączy się harmonijnie bogata struktura prospektu organowego (z 1728 roku zbudowany przez gdańszczanina Andrzeja Hildebradta). Budowany od XVII wieku w głównym swym zrębie pochodzi z wieku osiemnastego, nieznacznie uzupełniony w czasach nowszych. Sekcję główną wieńczy posąg króla Dawida z harfą, sekcje boczne postacie dwóch stojących aniołków. Mechanizm organowy zachowany w znacznej części, jest oryginalnym tworem sztuki organmistrzów z XVIII wieku. Figury aniołków wraz z gwiazdeczkami i dzwoneczkami poruszane w czasie koncertu pneumatycznie, stanowią prawie o pół wieku wcześniejszy przykład muzycznego fortelu znanego z organów oliwskich. Zawieszony w prezbiterium cykl ośmiu obrazów przedstawiających ilustracje DZIESIĘCIU PRZYKAZAŃ, jest dziełem powstałym w kręgu znakomitej indywidualności malarskiej Antoniego Mollera, który stworzył na pomorzu własną szkołę malarską. Złożona symbolika obrazów, wieloplanowe sceny, bogaty koloryt, znakomita charakterystyka postaci - określają je jako jeden z cenniejszych zespołów pomorskiego malarstwa wieku XVI, znakomicie ilustrujący religijność i obyczajowość tej epoki.

Zawieszone w nawie głównej w ostrołukowych ramach trzy obrazy: Ukrzyżowanie, Boże Narodzenie i Sąd Ostateczny - ten ostatni opatrzony datą 1667 - musiały się cieszyć szczególnym uznaniem, skoro skopiowano je w malarskich płycinach stall. Obraz Mojżesza i Chrystusa pod promieniami Ducha Św. powstał w wieku XVII, stanowią przykład typowych obrazów powstałych w duchu reformacji.

Z rzeźby zachowała się jedynie figurka Chrystusa Zmartwychwstałego, stojąca obecnie na predelli nie istniejącej dziś nawy ołtarzowej z drugiej połowy XVII wieku, na którą składały się rzeźbiona i malowana partia. Zachowane w predelii malowidło Chrystusa w Ogrójcu ciekawe jest ze względu na wprowadzenie trzech źródeł oświetlenia: srebrnego księżyca oświetlającego śpiących apostołów, smolnych pochodni straży świątyni i złocistego mistycznego światła opromieniającego Chrystusa. Wydobyta z cmentarza przykościelnego marmurowa chrzcielnica o wytwornym nie często spotykanym owalnym kształcie przywrócona obeznie została do wnętrza świątyni. Na osi wejścia głównego do kościoła znajduje się BRAMA CMENTARNA wzniesiona w roku 1648, murowana z cegły, z kamiennym detalem, kryta daszkiem dwuspadowym pokrytym dachówką.

Położony na nieznacznym wzniesieniu, otoczony starodrzewem i podkreślony biegiem kanału Raduni teren kościoła Podwyższenia Krzyża Świętego stanowi najstarszy element osady miejskiej w Pruszczu Gdańskim. Miasto, które choć powstało już w okresie ekspansji Krzyżackiej, na długo przechowało i chroniło rodzimości sztuki pomorskiej, jej własnego oblicza i trwałej kontynuacji. Ta kontynuacja jest właśnie świątynią, w której się obecnie znajdujesz.